Un Recherche-Remplace aurait pu être utilisé : en gros, on recherche le retour paragraphe, et on remplace par un point et un retour paragraphe.

Sauf que... les retours paragraphes qui terminent les notes de bas de page ou de fin de document ne peuvent pas être remplacés par quoi que ce soit car ce sont des retours paragraphes générés automatiquement par Word et non supprimables.

La seule solution passe donc par une macro :

Sub notes()
'macro écrite par m@rina
Dim note As Footnote
Dim manote As String
For Each note In ActiveDocument.Footnotes
manote = note.Range.Text
If note.Range.Characters.Last <> "." Then
note.Range.Text = manote & "."
End If
Next
End Sub

Cette macro fait le remplacement pour les notes de bas de page. Pour les notes de fin (section et document), remplacez Footnote et Footnotes par Endnote et Endnotes.